荧光染料由于灵敏度高，操作方便，逐渐取代了放射性同位素作为检测标记，其广泛应用于荧光免疫，荧光探针，细胞染色等。包括特异性的DNA染色，用于染色体分析、细胞周期、细胞凋亡等相关研究。另有很多核酸染料在多色染色系统中是非常有用的复染剂，可作为背景对照，标记细胞核使细胞内结构的空间关系一目了然。
在操作荧光染料亮度的时候，我们可以按照普通的比较方法去比较荧光染料的亮度，那么一般荧光染料亮度怎么进行比较?
赫斯特荧光染料的亮度可以用来比较不同荧光染料的荧光标记效果，通过阴性细胞群与阳性细胞群的荧光信号之间的关系来表示。但阴性细胞群的荧光信号受到信号强度、自发荧光、非特异性染色、仪器的电子噪声等多个因素相关。
荧光染料染色指数是阳性细胞群的平均荧光强度与阴性细胞群的平均荧光强度之差与阴性细胞群荧光强度标准差之间比值的一半。荧光染料染色系数只和抗体克隆与质量、荧光团纯度与质量、荧光修饰比、激光线及其功率、长通和带通滤光片、目的细胞等因素相关。
赫斯特荧光染料的染色指数与荧光染料的亮度呈正相关，也就是荧光染料亮度越高，染色系数也就高。
赫斯特荧光染料常用于荧光染料产品的制备，以及增白洗衣粉中的增白剂，指示信号用的各种荧光路标漆，荧光标志服等。荧光染料的其他用途包括：渗漏污水系统包括水和工业的污染物、连接系统、测量发电厂排出的液体、洗手间的渗漏、研究流量和绘图，此外还用于纤维织物印染和某些特殊标志等。
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