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药品电子监管码是一维条形码，有防伪码的功能，一物，20位数字，即时相同的药品每一瓶的编码也是不同的，通过电子监管码可以在药监局的网站查询，已经从最初的16位升级到如今的20位。二者的区别如下：
一、作用不同
药品电子监管码管理系统是针对药品在生产及流通过程中的状态监管；商品条码是为了区分不同商品，即一个商品项目只能有一个代码，或者说一个代码只能标识一种商品项目。不同规格、不同包装、不同品种、不同价格、不同颜色的商品只能使用不同的商品代码。
二、强制性不同
申请注册行为是自愿的。依法取得企业法人营业执照或营业执照的生产者、销售者了根据自己的经营需求，申请注册厂商识别代码。
药品电子监管码赋码是强制性的。2010年6月17日，国家物品监督管理局（CFDA）发布了《关于做好基本药物全品种电子监管工作的通知》，凡生产基本药物品种的中标企业，要在2011年3月31日前加入药品电子监管网，按规定做好赋码、核注核销和企业自身预警处理的准备工作。
三、监管机构不同
国家质检总局、国家标准委负责组织全国商品条码的监督检查工作，各级地方质量技术监督行政部门负责本行政区域内商品条码额监督检查工作，药品电子监管码监管机构为国家药品监督管理局及地方药品监管部门。
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